La Bibliothèque de la Bourgeoisie de Berne est aussi l’institution responsable des archives de la Commune bourgeoise de Berne. Elle conserve donc les archives administratives des institutions de la Bourgeoisie ainsi que celles des corporations et des abbayes bourgeoises, qui avec environ 720 mètres linéaires forment le plus vaste fonds de la Bibliothèque. Ces documents sont soumis à la législation cantonale sur les archives communales et la protection des données, et, en conséquence, à des restrictions de communicabilité.

Les documents de la Commune bourgeoise de Berne sont déposés dans les archives des différentes divisions ou dans celles de la chancellerie (elles-mêmes réparties par divisions). Cela signifie que si l’on cherche les actes relatifs à un thème précis, il faut dépouiller aussi bien les archives des divisions que celles de la chancellerie. Cependant, les actes et procès-verbaux des Conseils sont conservés uniquement aux archives de la chancellerie.