Platter begann sein Studium in der Zeit des Aufschwungs der Botanik. Einer seiner Lehrer in Montpellier, Guillaume Rondelet (1507–1566), war seinerseits ein Schüler von Luca Ghini, dem Begründer der Herbarisierungstechnik. Diese noch junge Methode konnte nun Platter von Rondelet erlernen. In Montpellier wohnte Platter beim Apotheker Laurent Catelan (ca. 1500–?), der eine grosse pharmazeutische Naturaliensammlung besass. Bei ihm eignete sich Platter das systematische Ordnen und Katalogisieren an und wurde zum leidenschaftlichen Sammler. Schon 1552 begann er mit seinem eigenen Herbarium, das er laufend ausbaute.
Platter liess seine gepressten und getrockneten Pflanzen und seine Sammlung von Abbildungen zu Büchern binden (im Format Folio, rund 41 x 31 cm). Seine ursprüngliche Sammlung umfasste 49 Bände; gemäss einem Verzeichnis enthielten sieben Bände Abbildungen von Personen, Mineralien und Tieren, 24 Bände Holzschnitte von Pflanzen und 18 Bände (das eigentliche Herbarium) getrocknete Pflanzen zusammen mit Abbildungen, meist als Paare angeordnet.
Platter hat seine Pflanzensammlung wohl etwa Ende des 16. Jahrhunderts beim definitiven Binden nach dem System von Caspar Bauhin (1560-1624) geordnet, auch wenn dessen systematisches Pflanzenverzeichnis «Pinax Theatri Botanici» erst 1623 publiziert wurde. Sehr wahrscheinlich konnte Platter aber auf die Vorarbeiten zur «Pinax» zugreifen, da Bauhin sein Schüler war und ebenfalls in Basel Professor wurde (für Anatomie und Botanik). Der Umfang des Herbariums kann auf insgesamt etwa 1800 Arten geschätzt werden, da die noch vorhandenen Bände je etwa 100 Arten enthalten. Platters Pflanzensammlung war damit wohl eine der umfangreichsten ihrer Zeit.
Rund um sein Herbarium baute Platter ein umfangreiches Naturalien- und Raritätenkabinett mit Kuriositäten aus dem Tier-, Mineralien- und Pflanzenreich und bemerkenswerten Produkten der menschlichen Kultur auf. In seinem eigenen botanischen Garten kultivierte er viele exotische Pflanzen, er besass zudem eine grosse Bibliothek und sammelte auch Gemälde und Musikinstrumente. Platters Sammlungen waren europaweit bekannt und wurden oft besucht, auch wenn er für das Vorzeigen Geld verlangte.
