Die Burgerbibliothek Bern ist in vier Bereiche gegliedert: Privatarchive bilden den grössten Bereich mit Archivunterlagen privater Provenienz hauptsächlich zur Berner und Schweizer Geschichte. Dazu gehören das sogenannte alte Archiv (Mss.h.h.), Nachlässe, Familien-, Gesellschafts- und Firmenarchive vom Mittelalter bis in die Gegenwart.
Der Bereich Grafische Sammlung, Fotoarchiv und Gemälde bietet einen vielfältigen Zugang zur visuellen Kultur Berns und der Burgergemeinde Bern. Der Bereich Bongarsiana/Codices umfasst die Handschriftenbibliothek mit Quellen von der Spätantike bis ins 16. Jahrhundert.
Das Burgerarchiv ist das Verwaltungs- und Gemeindearchiv der Burgergemeinde Bern und das Gemeindearchiv der burgerlichen Zünfte und Gesellschaften.