Der Bereich Bongarsiana/Codices umfasst die international bedeutende Sammlung des französischen Humanisten und Diplomaten Jacques Bongars (1554—1612) mit 650 mittelalterlichen und frühneuzeitlichen Handschriften und etwa 150 Fragmenten, die grösstenteils aus Klöstern um Orléans und Strassburg stammen. Dazu kommen 3000 Druckschriften, die durch das Zentrum Historische Bestände der Universitätsbibliothek Bern verwaltet werden. Nach Bongars Tod fiel die Büchersammlung an seinen Erben, den Strassburger Bankierssohn Jakob Graviseth, der die Berner Schultheissentochter Salome von Erlach heiratete. So gelangte die Bongarsiana von Strassburg zuerst nach Basel und 1632 in die Berner Bibliothek.
Zum alten Berner Bestand gehören 125 Handschriften aus in der Reformationszeit aufgehobenen Klöstern sowie aus Privatbibliotheken von Gelehrten und Geistlichen. Schenkungen und Ankäufe ergänzten die Sammlung mit etwa 200 grösstenteils frühneuzeitlichen europäischen, 60 orientalischen, 40 griechischen und 30 hebräischen Handschriften. Der Bereich Bongarsiana/Codices umfasst heute über 1100 Handschriften. Für die Benutzung der Sammlung ist eine Voranmeldung erforderlich. 118 digitalisierte Handschriften sind über die virtuelle Handschriftenbibliothek e-codices einsehbar.
