Die Burgerbibliothek Bern ist auch das Gemeindearchiv der Burgergemeinde Bern. Deshalb verwahrt sie die Verwaltungsarchive der burgerlichen Institutionen sowie die Archive der Zünfte und burgerlichen Gesellschaften, die mit rund 720 Laufmetern den grössten Bestand der Burgerbibliothek bilden. Die Verwaltungs- und Zunftarchive gelten als kommunale Archive und unterliegen der kantonalen Gesetzgebung betreffend die Gemeindearchive und den Datenschutz. Es bestehen teilweise Benutzungseinschränkungen. 

Die Unterlagen der Burgergemeinde Bern befinden sich in den Archiven der einzelnen Abteilungen oder im Archiv der Burgerkanzlei. Der Aufbau nach Abteilungen wiederholt sich innerhalb des Kanzleiarchivs. Für die Arbeit mit den Dokumenten der Burgergemeinde bedeutet dies, dass Akten zu einem bestimmten Thema sowohl in den Abteilungsarchiven als auch im Archiv der Kanzlei vorhanden sein können. Eine Ausnahme bilden die Akten und Protokolle der Räte, die nur im Kanzleiarchiv enthalten sind.